日本特许厅有一定的独立性，是制定、修改、解释《特许法》、《实用新案法》、《意匠法》和《商品法》的权威机构。负责法规受理、审查、批准上述四种专利的申请工作。日本特许厅下设总务部，第1至第5审查部和审判部7个部门。总务部负责人事、财会、出版、修订工业产权法及国际联系等事项。第1审查部负责意匠和商标的审查、批准事项；第2至第5审查部按专业分别审查和批准专利及实用新型；审判部负责处理法律诉讼。日本特许厅还有2个直属单位：一是国际工业产权资料馆，负责收集国内外工业产权的文献资料，提供阅览和检索事宜；二是工业产权研究所，负责对特许厅职工的培训工作，并受世界知识产权组织的委托或根据两国的协议代培外国专利人员。
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